Програма «Модернізація системи державної освіти в Україні» визначає рамки усіх проектів з розвитку під патронатом Чеської агенції розвитку в Україні. Програма співробітництва ЧР з Україною побудована на трьох основних підвалинах:

1. Технічна допомога у реформуванні системи освіти включає проекти, спрямовані на створення потужної бази центральних установ українського уряду. Ці проекти спрямовані на збір й опрацювання статистичних даних, облік навчальних закладів і підготовку до міжнародних порівняльних студій в галузі освіти. З чеського боку до цих проектів залучені державні установи.
2. Підтримка переходу українських університетів на європейські стандарти включає проекти чесько-української співпраці між університетами. Ці проекти спрямовані на допомогу в запровадженні демократичних принципів в університетському самоврядуванні, розбудову можливостей з метою залучення до програм міжнародної мобільності студентів і підготовку нових навчальних програм.
3. Матеріальна допомога переселеним навчальним закладам, зокрема університетам з Луганської та Донецької областей, на реконструкцію приміщень цих університетів та поставки оргтехніки. Ці проекти реалізуються чеськими та українськими фірмами.

Співпраця з Україною, спрямована на розвиток, під егідою Чеської агенції розвитку та гуманітарна допомога Міністерства закордонних справ ЧР забезпечується в рамках надзвичайної допомоги уряду Чеської Республіки для України.