Правовою основою для розвитку двостороннього науково-технічного співробітництва є: Угода про наукове співробітництво між Національною академією наук України (НАН України) та Академією наук Чеської Республіки (АН ЧР), підписана 31.10.2000 р., та Угода між Кабінетом Міністрів України та Урядом Чеської Республіки про науково-технологічне співробітництво, укладена 19.12.2011 р. та ратифікована Верховною Радою України 17.05.2017 р.

На виконання положень зазначеної вище міжурядової Угоди було створено Спільний українсько-чеський комітет з науково-технологічного співробітництва, перше засідання якого відбулося в Празі 6 грудня 2017 р. За підсумками засідання сторони підписали протокол, на виконання якого 1 березня 2018 р. було оголошено конкурс з відбору 10 двосторонніх дослідницьких проектів на період 2019-2020 рр. у сферах, які становлять взаємний інтерес, зокрема, інформаційних технологій, електроенергетики, навколишнього середовища та використання природних ресурсів, біотехнології і новітніх терапевтичних методів профілактики захворювань, дослідження нових речовин та матеріалів, сучасного машинобудування, суспільних наук та мистецтва. Під час другого засідання Спільного українсько-чеського комітету з науково-технологічного співробітництва, яке відбулося 30 жовтня 2018 р. у Києві, сторони затвердили перелік з 10 науково-дослідних проектів, що реалізовувалися науковцями двох країн у 2019-2020 роках. Зокрема:

• Київський національний університет імені Тараса Шевченка реалізовував два проекти спільно з Університетом технологій м. Брно та Інститутом Органічної хімії та біохімії АН ЧР;
• Херсонський державний університет співпрацював з Інститутом ботаніки АН ЧР;
• Інститут фізики напівпровідників ім. В.Є.Лашкарьова НАН України співпрацював з факультетом математики та фізики Інституту фізики Карлового університету;
• Фізико-технічний інститут низьких температур ім. Б.І.Вєркіна НАН України – з Інститутом фізики матеріалів АН ЧР;
• Київський національний університет технологій та дизайну – з Технічним університетом м. Ліберець;
• Львівський національний університет імені Івана Франка - з Карловим університетом;
• Національний університет біоресурсів і природокористування України – з Університетом імені Томаша Баті м. Злін;
• Інститут проблем матеріалознавства ім. І.М.Францевича НАН України - з Центрально-європейським технологічним інститутом та Університетом технологій м. Брно;
• Інститут хімії поверхні ім. О.О.Чуйка НАН України - з Інститутом технологій навколишнього середовища м. Острава та Технічним університетом м. Острава.

З метою подальшого розвитку двостороннього науково-технічного співробітництва Міністерством освіти і науки України та Міністерством освіти, молоді та спорту ЧР протягом березня-травня 2020 року було проведено відкритий конкурс спільних українсько-чеських науково-дослідних проєктів на 2021-2022 роки, в якому мали можливість взяти участь науково-дослідні групи закладів вищої освіти і наукових установ України та науково-дослідні групи університетів Чеської Республіки. Результати конкурсу стануть відомі наприкінці 2020 року. Основними напрямами співпраці, як і в попередні роки будуть:

• Інформаційні технології, зокрема нові ринкові технології;
• Електроенергетика;
• Екологія та раціональне використання природних ресурсів;
• Біотехнології, нові терапевтичні методи, профілактика захворювань;
• Нові речовини та матеріали;
• Сучасне машинобудування;
• Суспільні науки, гуманітарні науки, мистецтво.

З початком повномасштабної агресії Росії проти України чеські науково-дослідні інституції та, зокрема, Академія наук України виступили на підтримку України та запроводили низку додаткових наукових програм і стипендій для науковців з України.